Petek temizliği özel ilaç ve kimyasallarla temizlenerek, içlerinde sıvı akışını daha düzenli hale getirebilen bu yöntemle de verimi büyük oranda arttırabilen bir uygulamadır. Petekleri içlerinde zamanla meydana gelebilecek paslanma, balçıklaşma ve sıklıkla karşılaşılan kireçlenme gibi sorunlara karşı özel ilaçlı karışımlar ve kimyasallar ile yılda bir kere temizlenmelidir. Temizleme işinde kullanılan yöntemler verimi arttırmak amacıyla veya sistemlerin ömrünün uzatılması için sıklıkla kullanılması gerekmektedir. Petek temizliği yapılan dairelerde yakıt tasarrufunda ve ısıtma da %20 varan artışlara yardımcı olur.